koyu2 問題を詳細にご報告いただきありがとうございます！

この問題を最新の安定版(4.1.24)と最新のbeta版(4.2.09-beta)の両方で再現できることを確認しました。
このインポートのエラーはどうやらリンクメッシュを使用しているスケルトンでは必ず発生するようです。こちらにこの問題の修正のためのissueチケットを作成しました:
EsotericSoftware/spine-editor777

確認してみた限り、既存のスケルトンにインポートする場合にこの問題を回避する方法が無いようでしたのでお手数をおかけしてしまい恐れ入りますが、この問題が修正できるまでは新規スケルトンとしてインポートを行っていただければ幸いです。

ご不便をおかけしてしまい申し訳ありませんが、修正が完了するまで今しばらくお待ちいただけますと幸いです。

koyu2 こちらの問題について、最新の4.2-betaにて修正が完了いたしました。もしお時間がございましたら実際のプロジェクトでも問題が正しく修正されているかどうかご確認いただけますと幸いです。

koyu2 ご確認いただきありがとうございます！

はい、非必須データがチェックされていなかったからメッシュ内のエッジが失われるという旨の警告は不具合ではなく仕様です。また、バージョン4.2から追加されたわけではなく、元々メッシュ内のエッジは非必須データに分類されています。

エッジがあるとエッジループ選択を利用できるのと、頂点間のつながりを手動で指定することによりメッシュ内の三角形の形状を指定できるというメリットがありますが、ランタイムでメッシュの変形を行う上では必要ないため、非必須データに分類されています。

非必須データオプションを有効にするべきか否かという点につきましては、スケルトンの編集中に何らかの理由で一時的にJSON形式でエクスポートしてエディターに再度インポートしたい場合には有効にすることをお勧めしますが、本番用リソースとして使用するデータをエクスポートする場合は無効にすることをお勧めします。
(非必須データを有効にすると余計な情報までJSONデータ内に追加されてしまい、出力されるJSONデータのサイズが大きくなってしまうので、本番用データでは外すべきです。)

そのため、ビルドプロセスの中に、非必須データを無効にした状態でエクスポートを行うスクリプトの実行を組み込んでおくと良いかもしれません。