エクスポートされないパーツについて、いくつかの可能性を考慮する必要があります。

1. Alias設定の確認:
   エクスポート時に同じピクセルの画像が重複している場合、Alias設定が有効になっていると一つの画像しかエクスポートされない可能性があります。Alias設定を無効にしてみてください。

2. エクスポートオプションの確認:
   メッシュアタッチメントのプロパティで「エクスポート」オプションがチェックされているか確認してください。チェックされていない場合、そのアタッチメントはエクスポートされません。

3. ポリゴンパッキングとホワイトスペースの設定:
   ポリゴンパッキングとホワイトスペースの削除設定が同時に使用されている場合、バグが発生することがあります。この場合、ポリゴンパッキングを使用せず、ホワイトスペースの削除を無効にしてみてください。

4. 画像の欠落確認:
   スケルトンに欠落している画像がある場合、エクスポートが正常に行われないことがあります。Treeビューの「Find and Replace」機能を使用して、欠落している画像がないか確認してください。

これらの手順を試しても問題が解決しない場合、プロジェクトファイルを確認する必要があります。プロジェクトファイルを送っていただければ、詳細な調査が可能です。

koyu2 添付されている画像を確認しましたが、これは両目が描かれている画像をメッシュハルを調整して片目ずつに分離し、かつポリゴンパッキングを行っていることが原因だと思います。
ポリゴンパッキングを使用するとメッシュハルを利用して画像をトリミングしてパックしますが、計算順によってはそれぞれの目ごとにトリミングが行われてしまい結果的に画像が正しく出力されないことが起こりえます。

解決方法はいくつか考えられます:

• テクスチャを片目ずつ用意する
  この問題は同じ画像を参照してポリゴンによるトリミングが2回行われてしまっているのが原因ですので、別の画像を参照するようにすれば問題ないはずです。片目ずつ用意するといっても単に異なるファイルであれば良いので、例えば名前が異なるだけで表示内容は同じ画像でも有効です。
• ポリゴンパッキングを利用しない
  これらの目の画像は長方形パッキングを利用したとしても、空白X/Y削除を有効にすれば省スペースでパックすることが可能です。ポリゴンパッキングよりはテクスチャのサイズはやや大きくなりますが、別のソース画像を用意する手間はありません。

これらの解決方法をお試しいただければ幸いです。

koyu2 無事解決したとのことでよかったです！ご報告いただきありがとうございました。