残念ながら、コマンドライン経由でSpineの設定を直接上書きすることはできません。
ただし、設定内容はユーザーフォルダのsettingsフォルダ内のeditor-2.jsonまたはeditor-1.json(使用するバージョン次第でどちらかになります)に保存されますので、このJSONファイルの中のreuseInstanceのtrue / falseを書き換えるスクリプトを作成していただくか、または単純に設定違いでファイルを2つ保管しておいて切り替えたいときに上書きすることで、Spineを起動せずに切り替えることは可能です。
ユーザーフォルダの場所についてはこちらからご確認ください：
Spineのトラブルシューティング: ユーザーファイル
現在のところは上記のような方法になりますが、将来的にはSpineの設定内容を変えられるコマンドライン引数を追加する予定です。
その他ご不明な点がございましたらお気軽にご質問ください！
先ほど開発のNateより、次のランチャーバージョンにWindwosおよびLinux向けの新しい引数`
reuse-instanceと
no-reuse-instance`を追加したという連絡を受けました。これらによって、Spineエディターの設定内容を現在の実行に限り(つまり一時的に)オーバーライド出来るようになります。
次のランチャーバージョンのリリース日は未定のため、いつから使用できるようになるかはお伝えできず申し訳ありませんが、リリースしたらまたこちらの投稿にご連絡させていただきます。
